会社にとって税務調査は、気持ちのいいものではないかもしれません。税務調査でなにをみられるか、なにを指摘されるかがわからないのが、その大きな理由でもあります。
しかし、税務調査でみられるポイントが事前にわかっていれば、それほど心配することはありません。むしろ定期的に税務調査を受けることは、税務面からみた会社の健全性が検証されることでもありますので、前向きに税務調査を受けとめることが大切です。
オーナー会社の税務調査でみられるポイントは、次の３つです（もちろん、全般をみられますが）。
1.オーナー個人および関係者との取引。
2.グループ会社との取引。
3.臨時的な取引及び事柄。
オーナー会社での強みでもあり、弱みでもあるのは、オーナーの力が強いあまり、オーナーの意向に影響されるのはいいのですが、組織的な手続きが十分に踏まれていないことが少なくない点があります。
会社とオーナーグループまたは、グループ会社との取引についても、口頭ベースの契約であったり、契約書を取り交わしていてもその内容に沿った取引になっていなかったりするケースが多々、見受けられます。
このあたりは、オーナーの意思決定のみで行われることが多いために、第三者（税務署等）からみた場合、その内容に不備があり、税務的に問題になることも少なくありません。
具体的な項目とポイントは、次のようなものです。
1.オーナーおよび関係者（以下オーナーグループ）の報酬……業務内容に応じた報酬額の妥当性及び報酬額の決定（議事録等）。
2.オーナーグループとの不動産等の資産の売買及び賃貸–売買価額・賃借料の妥当性及び議事録・契約書等の作成。
3.オーナーグループとの資金の貸借……金利の妥当性及び契約書等の作成。
4.グループ会社との取引及び変更–金額の妥当性及び（変更）契約書の作成。
いずれも相対取引ではあっても、オーナーひとりの意思決定で金額等が決められることがあるため、その妥当性の検証や書面が不十分のままになる危険性があります。グループ間での取引であったとしても、当事者双方にその取引の合理性、金額の妥当性が必要です。そのあたりを税務署に対して、説明できるようにしておくことが、大切です。
オーナーグループ関連以外でポイントになるのは、通常の経常的に発生する取引ではない、以下のような臨時的に発生した取引です。
1.定期的な修繕費ではない臨時的で比較的多額な修繕費。
2.海外研修等の特別な研修。
3.社内旅行。
4.貸倒損失。
5.不動産等及び有価証券の売却損。
6.有価証券等の評価損。
7.在庫の廃棄損・評価損。
8.支払手数料で臨時的、多額なもの。
9.役員退職金。
10.固定資産の購入。
11.過去 年間の収支の推移の中で変動が大きい費用項目。これらの項目はいずれも継続するものではないため、会社もその処理になじみがなかったり、また税務上の取り扱いが決まっていたりしますので、慎重に処理する必要があります。
税務調査においては、収入については網羅性（すべての収入が漏れなく計上されているかどうか）、費用については個別損金性（個別の経費が税務上の損として妥当かどうか）が検証されます。これらの臨時経費についても、個々の経費の内容が税務上の損として認められるかどうかが、ポイントになります。